西南大學由原教育部直屬西南師范大學與原農業部直屬西南農業大學于2005年合并而成。原兩校毗鄰而建，同根同源，均溯源于1906年建立的川東師范學堂，幾經傳承演變，1936年更名為四川省立教育學院。

1950年，四川省立教育學院師范、農學相關系科分別與1940年創辦的國立女子師范學院、1946年創辦的私立相輝文法學院等合并建立西南師范學院、西南農學院。1985年，兩校分別更名為西南師范大學、西南農業大學。此后，重慶輕工業職工大學、四川畜牧獸醫學院、中國農業科學院柑桔研究所相繼并入。

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